Die Vorgeschichte der Neuen Kantonsschule Aarau reicht bis in die Zeit frühester öffentlicher Schulbildung in Aarau zurück. Anfangs des 17. Jahrhunderts war am Zollrain die Deutsche Schule für Knaben und Mädchen eröffnet worden, von welcher schon 1622 eine "Mädchenschule" abgetrennt wurde, womit sich das Prinzip der Geschlechtertrennung an den Pflicht- und höheren städtischen Schulen Aaraus für lange Zeit durchzusetzen begann.

An dieser Grundschule für Mädchen hatten die acht- bis zwölfjährigen Schülerinnen, seit 1718 von zwei "Lehrgotten" betreut, Buchstabieren zu lernen, den Heidelberger Katechismus auswendig zu lernen und jeden Tag eine Stunde die Schreibschule zu besuchen. Danach war in der Regel für Mädchen aller Stände die Schule zu Ende. Erst als Fenélons Traité de l'éducation des filles zum Lieblingsbuch vornehmer Aarauerinnen avancierte, schickte man deren Töchter nach Frankreich oder in die Waadt, wo sie in feiner Gesellschaft oder im Institut ihre Bildung erhielten.

Der widrigen Zeitumstände, der zunehmenden Kosten wegen und weil immer mehr Aarauer Mädchen, auch aus gewerblich-industriellen Kreisen, zur weiteren Schulung drängten, fanden sich „Fundatorinnen und Donatorinnen" - allen voran Frau Schultheissin Anna Katharina Hunziker-Zollikofer - bereit, Mittel für eine städtische "Privatanstalt für höhere Töchter" bereitzustellen. Diese wurde am 9. November 1787 mit zwanzig Schülerinnen eröffnet, vermochte indes, der Revolutionswirren wegen, nur bis 1801 zu bestehen.

Die ersten zwanzig Jahre ihres Bestehens war die "Privatanstalt für höhere Töchter" in den jeweiligen Privatwohnungen der Lehrerinnen untergebracht, denen die Stadt Aarau dafür als Entgelt im Winter die Reiswellen zum Heizen lieferte.

Dennoch ist es bemerkenswert, dass in Aarau die Töchter schon fünfzehn Jahre vor ihren männlichen Altersgenossen eine private Lehranstalt besuchen konnten; man hegte für die männliche Jugend eben höherfliegende Pläne. Im Schosse der Helvetischen Gesellschaft, deren Jahresversammlungen immer wieder in Aarau stattfanden, begeisterten sich die Patrioten an der Vision einer "nationalen Bildungsanstalt" für Jünglinge aus der ganzen Schweiz, und als Aarau kurzfristig zur Hauptstadt der Schweiz aufstieg, sollte hier ein Zentralgymnasium, eine Musteranstalt für ganz Helvetien zur nationalen Verschmelzung entstehen. Am 6.Januar 1802 eröffnete man in Aarau also die ebenfalls mit privaten Mitteln geschaffene Kantonsschule, welche schon in ihren ersten Jahren eine erstaunliche Anzahl aus anderen - insbesondere welschen - Kantonen der Schweiz anzuziehen vermochte. Bedeutsam für die weitere Geschichte der beiden Schulen in Aarau ist indes, dass die Kantonsschule schon elf Jahre nach ihrer Gründung - 1813 - verstaatlicht wurde, während das Töchterinstitut, trotz der Angliederung des Lehrerseminars, erst 1911 vom Staat Aargau übernommen wurde und sich damit lange nicht vom Ruf einer lokalstädtischen Privatanstalt lösen konnte.

Auch die Renaissance des Instituts, als man dieses 1822 wieder eröffnete, verlief nicht nach dem Geschmack der fortschrittlichen Aarauer Bürgerschaft. Es wurde um eine "französische Abteilung" erweitert und ausschliesslich Töchtern reserviert, "die nach ihrem Stand und ihrer künftigen Bestimmung Ansprüche auf höhere Bildung zu machen haben."

Die erste längere Bleibe des Instituts ist in der Provisorei an der Milchgasse auszumachen, wo von 1830-1850 „die bildungsdurstigen Jungfräulein die primitive Holztreppe hinauf ins Gadi' zur Schule gingen. Als sich die Lehrerinnen beim Stadtrat immer wieder umsonst über die gesundheitsschädigende Feuchtigkeit und über die mit konstanter Bosheit vor den Schulfenstern stehengelassenen Mistkarren beklagten, zog man schliesslich resigniert in ein Privthaus an der Kronengasse.

An die fünfzig Jahre vermag sich indes das Institut, in welchem Lehrerinnen und Schülerinnen sich ausschliesslich für Schul- und Privatgespräche der französischen Sprache zu bedienen hatten, zu halten, bis es zur Zeit der Gründerhektik in den 1850er bis 1870er Jahren durch forsche Nützlichkeitsdenker fundamental in Frage gestellt und von Grund auf reorganisiert wurde.

Im Rahmen der Vorbereitungen zum Schulgesetz von 1835 hatte der Regierungsrat „eine höhere weibliche Erziehungsanstalt", an welcher Töchter aargauischer Bürger wissenschaftlich und praktisch für den Lehrberuf ausbilden lassen könnten, vorgeschlagen, doch der Grosse Rat verwässerte „sobald die Staatskräfte dies erlauben und das Bedürfnis es erfordert". Lehrerinnen fehlten an allen Ecken und Enden. Es gab erst an die zwei Dutzend Lehrerinnen, welche im Maison d'éducation pour Demoiselles im säkularisierten Stift der ehemaligen Zisterzienserabtei Olsberg bei Rheinfelden ihr Rüstzeug geholt hatten.

Als das Lehrerinnenseminar 1873 eröffnet wurde, bekam Aarau die Chance, sich durch eine weitere kantonale Schule zu profilieren. Lehramtskandidatinnen, die einen Freiplatz begehrten, hatten sich nun einer Delegation des kantonalen Schulrates zu stellen, worauf je zwei protestantische und katholische Anwärterinnen auf den Lehrberuf ans städtische Töchterinstitut kamen, wo sie während zwei Schuljahren zusätzlich in Kalligraphie, Religionslehre und Geschichte der Pädagogik ausgebildet wurden, um ab dem dritten Schuljahr "praktische Übungen im Schulehalten" an den städtischen Mädchenschulen absolvieren zu können.

Das ging zuerst mehr schlecht als recht. Es gab viel Hohn und Spott über das "Jungfernseminar" und dessen Schülerinnen, welche die von jungen Männern besetzten Kosthäuser zu meiden und sich bei vornehmen Aarauer Familien in Pension und gebührende Aufsicht zu begeben hatten. Auch in den Schulhäusern hatten die Absolventinnen von Aarau ein hartes Los, da die in Wettingen ausgebildeten Lehrer ihre Kolleginnen als "auffällig vom Staat gehätschelte Damen aus dem schnellbleichenden Klassenritt", als "eine Laune des Zeitgeists" abqualifizierten und ihr mageres Einkommen den zu allen Bedingungen arbeitenden Lehrerinnen anlasteten.

1873-1876 Das Lehrerinnenseminar wurde in den kahlen Räumen der ausgeräumten Fabrik August Oehlers am Balänenweg eröffnet, wo die Säle zwei und drei mit ausgedienten Wirtstischen und defekten Strosesseln mietweise ausgerüstet waren und nur eine Schwarwälderuhr etwas Gemütlichkeit tickte.

Die Stadt Aarau bot dem Lehrerinnenseminar von 1876-1895 auf der zweiten Etage des neu erbauten Pestalozzischulahuses Unterschlupf, bis auch Räume dieses Geschosses für die schulpflichtigen Knaben beansprucht wurden.

1895-1911 Nach dem Auszug aus dem Pestalozzischulhaus bezog das Lehrerinnenseminar ein von den Kantonsschülern verlassenes Gebäude beim Kasinopark, nämlich das heutige Amtshaus.

Erst gegen Ende des 19.Jahrhunderts geht die Profilierung als Seminar zügiger voran. Die kantonalen Beiträge steigen, der Institutsmuff wird abgestreift, Instrumentalunterricht eingeführt, eine Übungsschule eröffnet. Man wird auch standesbewusst, der Verein aargauischer Lehrerinnen eine Brutstätte emanzipatorischer Forderungen.

In den 1930-er Jahren folgen hochgesteckte Pläne für eine aargauische höhere Bildungsstätte für Mädchen und Frauen, die das bescheidene Lehrerinnenseminar ablösen sollte. Geplant wird als Paradestück ein Mädchengymnasium mit neusprachlicher Akzentuierung, da "moderne Sprachen Ordnung bringen in jugendliche Gedanken und Gefühle", dem ein Oberseminar angegliedert und schliesslich eine propädeutische Abteilung für "gehobene Frauenberufe" zur Seite gestellt werden sollen.

Das Mädchengymnasium und das Oberseminar für zukünftige Lehrerinnen blieben als Konzepte in den Schubladen, die Vorbereitungsschule für Frauenberufe aber, - die Aargauische Töchterschule - konnte (1936?) realisiert werden und wurde zur starken Abteilung neben dem Lehrerinnenseminar, respektive der Neuen Kantonsschule Aarau; sie wurde auf Beginn des Schuljahres 1989/90 durch die neu geschaffenen Diplommittelschule (DMS) abgelöst.

1911-1956 belegte das Lehrerinnenseminar die Reservezimmer im untersten Stock des Bezirksschulhauses im Zelgli.

Als Folge des Trends zur postmaturitären Lehrerbildung 1975 Einführung des neusprachlichen Gymnasiums (1980 eidgenössische Anerkennung der Maturität Typus D) und Schaffung des Pädagogisch-sozialen Gymnasiums, eine Art Lehramtsmaturitätsabteilung zürcherischer Prägung (ab 1985 Anerkennung der PSG-Matura durch Hochschulen von Bern, Basel, St.Gallen, Freiburg, Genf, Neuenburg und Luzern).