Die Schülerorganisation (SO) vertritt die Interessen der Schülerinnen und Schüler an der Neuen Kantonsschule Aarau und gegen aussen. Zudem organisiert die SO besondere Anlässe wie das Sommernachtsfest oder Podiumsdiskussionen.

Die SO besteht aus:

• Schülerrat, der sich aus je einer Schülerin/einem Schüler aus jeder Abteilung zusammensetzt
• vierköpfigem Vorstand, der vom Schülerrat gewählt wird
• Vollversammlung: Schülerrat und Vorstand zusammen